[zbahadir]

Bir sunucudaki bütün db'leri tek komutla yedekleyebilmen için;
mysqldump -uuser -ppass -A > all_db_yedek.sql

uzaktaki bir makine için;
mysqldump -u user -h HOST -p -opt -A > all_db_yedek.sql

Tek tek db'leri almak istersen;
mysqldump -u user -h HOST -p --opt database > yedek_database.sql
db boyutları çok büyükse kendi makinene yedek alman internet hızından dolayı zor olabilir ama net üzerindeki başka bir web sunucusuna crona ekleyceğin bir satırla otomatik olarak yedeklemesini sağlayabilirsin.

Mutlaka yerel bir makineye almam gerekir diyorsan bu komutla Linux kurulu bir makineden veya win makineden yedek alman mümkündür.

db'leri yedekleyebilmen için web sunucuda bir kullanıcı tanımlamalısın ve MySQL'e dışarıdan erişim için izin vermelisin aksi halde sunucu dışarıdan MySQL'e erişimine izin vermeyecektir.